2016年,受港口基础设施建设和清关效率提高等因素影响,蒙巴萨港货物吞吐量再创新高,达到2736万吨,比上年上涨2.4%;标准集装箱吞吐量从2015年的107万个增加到109万个,同比上涨1.4%。蒙巴萨港税前利润从71亿肯先令增加至103亿肯先令,同比上涨45%。